明朝末年，东厂督公魏忠贤权倾朝野，自号“九千岁”，草菅天下苍生万民性命。御林军总教头周淮安与侠女邱莫言携手作战，还暗地与早有匡扶朝纲的信王朱由检订下合作之盟，伺机对付魏忠贤，魏获悉机密，欲先对付信王，信王不得已只好施计出走皇宫，与周、邱众侠士相约于大漠龙门客栈会面，另图反击大计。

明朝东厂大牢内，掌印太监李公公正监督军师歌舒先生研制神秘药物，服下药物的实验者身体开始发生异样，在失去正常人的理智后但体力大增，会不受控制的对周围人进行疯狂攻击。李公公派出手下高手消灭已经失去理智的服药人，谁知手下高手在接触到服药的实验者之后同样出现疯癫异常的症状。

徐克将胡金铨的经典武侠片《龙门客栈》加以改写，搬到大陆的沙漠外景实地拍摄，并由李惠民担任导演。剧情主要架构仍是描写侠士周淮安伙同一群绿林好汉救助忠良之后，跟大太监曹少钦和东厂高手在龙门客栈发生尔虞我诈的遭遇战。新版本最大的特色除了大漠风沙的慑人映象之外，便是对三位主角的个性作了新注释。梁家辉与女扮男装的林青霞被塑造成有一段爱情故事的侠士红事，新增加的黑店老板娘张曼玉更是风骚入骨，抢尽风头，形成精彩武打之外有趣的三角感情矛盾。

明朝中叶，宦官专政，民不聊生。 因一份神秘圣旨，东海将领周淮安护孤女曲灵来到龙门岛上的龙门客栈，等待中元节奉旨交人。 龙门客栈中，江湖际会，暗流涌动。东西两厂轮番上阵，掌柜金镶玉百般试探，刺客邱莫言从中搅局，周淮安深感此行目的愈发扑朔迷离。 中元节将至，龙门岛世代血咒惊现仙药之迷，东厂冯督主为谋得仙药杀害曲灵。 周淮安为家族荣耀顺从野心勃勃冯督主还是秉持内心正义奋起反抗? 一场正义与邪恶的生死较量就此展开。